计文稿之一,也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在,徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻,对裘生道:
“老裘,先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头,飞快的带上套...手套,说道:
“行,我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株,检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本,操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测,指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头,对徐云道:
“老徐,准备好了,引物你觉得用啥?”
徐云想了想,很快道:
“1492R吧。”
“好嘞!”
半个小时后。
裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,BLAST的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会发现相似度在%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度%,%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源
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